Nguyên lý căn bản của canh tác hữu cơ là phòng ngừa rủi ro từ bên ngoài mang tới và bên trong gây ra. Nhằm đảm bảo không để xảy ra những rủi ro nhiễm tạp cho trang trại trong quá trình lưu trữ vật tư, dụng cụ sản xuất và vận hành thì một cơ sở hạ tầng căn bản cũng là điều cần thiết. Canh tác hữu cơ không yêu cầu cụ thể và bắt buộc một thiết kế hạ tầng cụ thể nào. Xong yêu cầu tối thiểu thường bao gồm nhà kho để chứa vật tư, dụng cụ sản xuất để tránh lẫn tạp hoặc sử dụng lẫn lộn với sản xuất thông thường. Nơi pha chế và hệ thống chứa bao bì chai lọ vật dụng canh tác cũng là cần thiết. Ngoài ra cần có nhà vệ sinh và khu vực thay đồ bảo hộ lao động riêng biệt cho công nhân.